《惡之華》講述了性格內向的中學生春日高男，深受法國詩人波德萊爾詩集《惡之華》的影響。某天，他在無意間拿走了暗戀對象佐伯奈奈子的體育服，卻被同班同學仲村佐和目擊。仲村以此要脅春日，迫使他與自己訂下契約，並屢次強迫他做出怪異行為。在這段扭曲的關係中，春日試圖與佐伯修補關係，三人之間的情感糾葛逐漸展開。