《轉生為故事幕後主謀》講述了一位大學生蓮，在以最快速度通關全球熱門遊戲「七英雄傳說」的續篇後，下載了一個特別的檔案，並被詢問是否開始一個特別的故事。選擇「是」後，他失去了意識，醒來時發現自己轉生為嬰兒。然而，他並非轉生成遊戲的主人公，而是故事中途背叛主角的同學，未來將成為幕後黑手的角色。為了避免悲劇命運，蓮決定在邊境低調生活，但卻意外與原本應該被他殺害的聖女相遇，從而展開了一段充滿變數的冒險旅程。